Klimó György püspök felismerte az 1743 óta működő intézmény jelentőségét és gondoskodott a munka anyagi feltételeiről. Házat és kápolnát biztosított a nővérek számára. A nyolc helyiségből álló épület nemcsak a tantermeket foglalta magába, hanem ebédlője és kisebb szobái által lehetővé vált arra, hogy az apácák és a bennlakó diákok lakhelyéül szolgáljon. Az élelmiszerellátmány juttatása és a házhoz tartozó kápolna felszerelése azonban megrekedt a püspök halálával. A patrónus nélkül maradt iskola Mária Teréziához fordult segítségért, hiszen a bentlakók évi 70 forintos és a bejárók (sokszor elmaradó) havi 17 krajcáros tandíja nem fedezte az apácák megélhetését és az intézet működtetésének költségeit. Sürgősen pótlandónak mégis azt a hiányosságot vélték, hogy a berendezés nélkül álló kápolnában nem tudnak naponta misét hallgatni növendékeikkel, hanem csak nagy nehézségek árán jutnak el alkalmanként a közeli ferences templomba. Ennek a „segélykiáltásnak” köszönhetjük azonban azt a dokumentációt, amely ha szűkszavúan is, de tájékoztat minket az iskola 1770-es évekbeli állapotáról. A Helytartótanács közvetítésével ugyanis a királynő meg kívánta ismerni az intézményt és annak jelentőségét. Tudni akarta mekkora az az összeg, amellyel biztosítottá válna a gondtalan működtetés, elegendő-e a tanítói létszám és nem szükséges-e az Erzsébet– vagy Orsolya–rendi nővérek betelepítése.
1777-ben az intézetben 4 nővér tanította a fokozatosan növekvő létszámú tanulóifjúságot, akik közül hárman voltak az „internátusnak” is lakói. Az iskola helyzetét vizsgáló főbíró szerint még két fő tanerőre lett volna szükség, mert a magyar és német nyelvek oktatása mellett alig marad kapacitás az írni, olvasni, varrni, kötni, egyéb női kézimunkát elsajátíttatni.
II. József 1782-es rendeletével a beginák életmódját is betiltotta, ezt követően bár az épület elvesztette zárdai jellegét, továbbra is leányiskolaként funkcionált. A városi jellegű leányiskolák megjelenésével párhuzamosan is bírt még létjogosultsággal (1848-ban Apácaiskolaként emlegették) egészen 1851-ig, amikor megnyílt a Miasszonyunk női kanonokrend pécsi iskolája. A megszűnt iskola épületében a reáliskola lelt otthonra.


Ismert pécsi beginák, akiket itt is helyeztek végső nyugalomra:
Deppin Johanna 1763-ban érkezett Pécsre.
Deppin Klára 1765–ben lépett egy ismeretlen nevű, elhunyt pécsi nővére helyébe.
Francisca (†1762) élt 42 évet.
Lachinger Hyacinta (†1796) élt 70 évet
Peichard Francesca 1752-ben érkezett Pécsre.
Peickard Antonia (†1791) Főnöknő, élt 79 évet.
Pflantzl Aloysia (†1766)
Pflantzl Anna Xavéria (†1752) 1743–ban érkezett Pécsre, egy év múlva kapott engedélyt a beöltözésre. Élt 48 évet.
Pflantzl Jozefa előbbi nővére. 1745–ben érkezett városunkba.
Stachler Mária Éva némethonból származott és 1760-ban csatlakozott a rendhez.
Stagl Erzsébet (†1776) élt 40 évet.
Zaigler Borbálya (†1764) élt 88 évet.

Nem rendtagok, de a sírbolt rejti végső nyughelyüket:
Simunovich Ilona (†1765) Az övviselők társulatának elnöknője, élt 76 évet.
Flancz Constancia a jótékony úrnő, akinek hozzájárulásával vásárolták meg a házat.{2}

"Szent Ferenc Reguláris Harmadik Rendje testvéreinek és nővéreinek életformája ez: kövesség a mi Urunk Jézus Krisztus szent Evangéliumát és éljenek engedelmességben, szegénységben és tisztaságban" (Reg. 1,1).

"Azok, akiket az Őr a szemlélődő életre hívott meg, naponta megújuló örömmel nyilvánítsák ki odaadásukat Istennek és ünnepeljék azt a szeretetet, amellyel az Atya szereti a világot, aki minket teremtett, megváltott, és egyedül az ő irgalmából üdvözíteni fog". (Reg. 3,9).

"A testvérek és nővérek szeressék az Urat teljes szívükből és elméjükből és minden erejükből, felebarátjukat pedig, mint önmagukat. És magasztalják az Urat tetteikben, mert azért küldte őket az Úr szerte a világba, hogy szóval és tettel tanúságot tegyenek az ő szaváról és tudassák mindenkivel, hogy Őrajta kívül nincs mindenható" (Reg. 9,29).